万方查重是一种用于检测论文原创性的工具，主要用于学术界和科研机构。其原理是通过比对已有文献数据库，找出论文中的相似内容。而期刊论文对比则是指将待审查的论文与期刊数据库进行比对，查找是否存在抄袭或重复发表的情况。区别在于，万方查重更注重检测文献原创性，而期刊论文对比更注重检测学术不端行为。

另一个区别在于使用对象不同。万方查重主要面向学术机构和个人研究者，用于确保学术研究的严谨性和原创性；而期刊论文对比更多应用于期刊社和编辑部，用于筛查投稿论文是否符合期刊的发表要求。此外，万方查重通常需要购买服务或机构授权，而期刊论文对比一般由期刊社提供服务，作者在投稿时可免费使用。